两个域名不一致但是访问的源码却是一样的！！！

一个是一级域名，在一级域名下弄了个二级的域名。但是使用的源码不知道，却导致第一个域名访问的内容成了二级域名的源码！！不知道怎么搞了。
现在把二级域名停止了还是访问的二级域名的源码，但是网站目录不一致，请问怎么处理
PS;由于不能正常访问，现在已删除二级域名和源码。